O exame de congelação é realizado durante o ato cirúrgico, ou seja, o patologista rapidamente analisa o material obtido na cirurgia e dá um posicionamento diagnóstico, permitindo que o cirurgião defina qual será a sua conduta cirúrgica.

Basicamente são duas indicações:
- Diagnóstico: o cirurgião retira um fragmento da lesão e, através da análise deste tecido, o patologista determina qual é a doença  e o cirurgião define se continua ou não a cirurgia (por exemplo: câncer vs não câncer);
- Avaliação de margens cirúrgicas: o cirurgião retira parte ou o todo de um órgão e o patologista avalia se a lesão foi inteiramente removida. Se foi, encerra-se a cirurgia; se não foi, ampliam-se as margens.